藥廠生產車間是由各種生產設備以系統的合理的方式組合起來的整體，根據一定的工藝流程和現場建設條件，通過最經濟和安全的途徑，將原料生產成為一定數量和符合一定質量要求的產品。
（1）操作室及藥廠潔凈室內僅布置必要的工藝設備，以盡可能減少建筑面積。
（2）有潔凈度要求的崗位或車間的凈高一般可控制在2.6m以下，但精制、配料等工段的設備常帶有攪拌器，廠房的凈高應考慮攪拌軸的安裝和檢修高度。
（3）藥廠潔凈室內的設備一般不采用基礎塊。必須采用時，宜采用可移動的砌塊水磨石光潔基礎塊。
（4）設備的安裝位置不宜跨越潔凈等級不同的房間或墻面。必須跨越時，應設置密封隔斷裝置，以防不同潔凈等級房間之間的交叉污染。
（5）易污染或散熱大的設備應盡可能布置在藥廠潔凈區（室）外，必須布置在室內時，應布置在排風口附近。
（6）生產過程中，粉碎、過篩等粉塵和噪聲較大的工序，應按工藝流程的順序分成若干個獨立的小室，分別布置各工序的設備，并采用消聲隔音裝置以改善操作環境。
（7）有特殊要求的儀器儀表，應布置在專門的儀器室內，并有防止靜電、震動、潮濕或其他外界因素影響的措施。
（8）物料烘箱、干燥滅菌烘箱、滅菌隧道烘箱等設備宜采用跨墻布置，即將主要設備布置在非潔凈區或控制區，待烘物料或器皿由此區進入，以墻為分割線，墻的另一側為潔凈區，烘干后的物料或器皿由該區取出。顯然設備的門應能雙向開啟，但不允許同時開啟，設備既具有烘干功能，又具有傳遞窗功能。
（9）在進行發酵車間布置時盡量將體積大的儲罐及有震動的設備布置在底層。個別設備和溶媒回收塔等可露天布置。在室外布置高大設備時，要注意廠房的采光和通風，并保持一定的距離。