不管是什么類型的制藥廠，在選擇制藥廠廠址時應充分考慮周全，更應嚴格按照國家的有關規定、規范執行。廠址選擇是一項政策、經濟、技術性很強的綜合性工作。必須結合建廠的實際情況及建廠條件，進行調查、比較、分析論證，最終確定出理想的廠址一般選擇制藥廠廠址時應遵循以下原則。
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1、一般有潔凈廠房的制藥廠，廠址宜選在大氣含塵、含菌濃度低，含有害氣體濃度低，且自然環境較好的區域。
2、有潔凈廠房的制藥廠廠址應遠離碼頭、鐵路、機場、交通要道以及散發大量粉塵和有害氣體的工廠、倉儲、堆場，遠離嚴重空氣污染、水質污染、振動或噪聲干擾的區域如不能遠離以上區域時，則應位于其最大頻率風向的上風側，或全年最小頻率風向的下風側醫藥工業潔凈廠房新風口與市政交通主干道近基地側道路紅線之間距離宜大于50m。
3、交通便利、通訊方便制藥廠的運輸較頻繁，為了減少經常運行費用，制藥廠盡量不要遠離原料來源和用戶，以求在市場中發展壯大。
4、確保水、電、汽的供給。作為制藥廠的水、電、汽是生產的必需條件。充足和良好的水源，對藥廠來講尤為重要。同樣，足夠的電能，對藥廠也很重要，有許多原料藥廠，因停電而損失相當慘重。所以要求有兩路進電確保電源。
5、應有長遠發展的余地。制藥企業的品種相對來講是比較多的而且更新換代也比較頻繁。隨著市場經濟的發展，每個藥廠必須要考慮長遠的規劃發展，絕不能圖眼前利益，所以在選擇廠址時應有考慮余地。
6、要節約用地，珍惜土地。
7、選廠址時應考慮防洪，必須高于當地最高洪水位0.5m以上。