在藥廠設計中，實驗動物房的設計重點在飼養區。飼養區的建筑布局最好采用人、物單向流程的形式，以減少交叉感染率。
一般來說，飼養區的平面布置通常可分為兩大類:單走廊式和雙走廊式，而三走廊式是雙走廊式的演化型式，這是藥廠設計中，實驗動物房常用的幾種方式。
單走廊式:經過檢疫的動物、經過清洗、滅菌的器材搬入飼養室和將動物的排泄物、尸體、使用過的器材搬出飼養室都使用同一條通道。理論上講:潔凈動物的排泄物也應該是潔凈的，使用單走廊是可以的。但一旦某一飼養室受到污染，則其他飼養室都難幸免。因此，這種形式不適用于長期用作實驗的動物房。無特殊病原體動物的飼養、生產設施通常采用單走廊式或單走廊的演變形式。用于短期實驗的無特殊病原體動物的實驗室一般也采用這種形式。感染實驗室由于危險性較大，應把每個房間作為一個隔離室，一般也采用單走廊形式。
雙走廊式：進、出飼養室的人、物流分別走潔凈通道和污染通道。屏障系統多采用這種形式。亞屏障系統，由于不能保證動物排泄物的潔凈度，也多采用雙走廊形式。敞開系統可根據飼養動物的種類、目的及方法，采用相應的平面布置形式。
采用單走廊式和雙走廊式的共同點是:全部器材、物品經過滅菌處理后，由潔凈準備室搬入潔凈廊；人員經過凈化程序由潔凈走廊進入飼養室。不同之處在于單走廊式的人物進、出飼養室使用同一走廊，而雙走廊式的人、物品離開飼養室要經過污染走廊。飼養室內部單向通行保證潔凈度按潔凈走廊→飼養室→污染走廊的順序依次降低。采用雙走廊式，飼養人員或實驗人員在完成一個飼養室的工作后，進入其它飼養室前，必須再次進行全部的凈化處理過程。這對于專業飼養員是個很大的負擔，也給實驗人員造成不便。但飼養設施如果選擇為屏障系統，則允許工作人員由潔凈走廊往返進入飼養室。這樣既可以省去工作人員多次凈化的程序，也降低了對建筑、通風的要求。但這樣會增大交叉感染的危險。不過在進行藥廠設計時，可輔以適當的壓差設計，減小交叉感染的危險。