在藥廠設(shè)計(jì)中，藥廠凈化車間中的空氣潔凈度等級應(yīng)根據(jù)生產(chǎn)工藝的特點(diǎn)和要求來確定，要選擇合適的氣流組織。不同潔凈度等級、不同氣流組織形式的潔凈空調(diào)系統(tǒng)應(yīng)分開設(shè)置。主要有下列幾種情況:
1. 運(yùn)行班次不同或使用時(shí)間不同的工藝房間不宜設(shè)為一個潔凈空調(diào)系統(tǒng)，否則不工作的凈化車間因和在工作的凈化車間是同一個潔凈空調(diào)系統(tǒng)而不能關(guān)閉，造成浪費(fèi)，提高運(yùn)行成本。若空調(diào)系統(tǒng)分開設(shè)置，可將不工作的凈化車間只運(yùn)行值班風(fēng)機(jī)，這樣可降低運(yùn)行成本。
2.生產(chǎn)過程中散發(fā)的物質(zhì)對其他工序、設(shè)備會產(chǎn)生交叉污染，對產(chǎn)品質(zhì)量或操作人員的健康、安全有影響的凈化車間空調(diào)系統(tǒng)應(yīng)分開設(shè)置，這種會造成交叉污染的凈化車間在電子工廠、制藥廠和各種實(shí)驗(yàn)室都有。
3.溫濕度基數(shù)和精度要求差別大的凈化車間空調(diào)系統(tǒng)應(yīng)分開設(shè)置。若不分開設(shè)置一般情況下都是按基數(shù)要求高的、精度要求嚴(yán)格的工藝來確定，這會造成工藝對溫濕度要求不高的也跟著高了，抬高了初投資和運(yùn)行費(fèi)用。
4.藥廠凈化車間內(nèi)工藝發(fā)熱量相差懸殊的系統(tǒng)應(yīng)分開設(shè)置，因潔凈空調(diào)系統(tǒng)的送風(fēng)量是根據(jù)潔凈度的級別或冷熱負(fù)荷來確定的，若發(fā)熱量差異大，那么發(fā)熱量小的凈化車間需要二次加熱才能滿足室內(nèi)的溫度要求，造成浪費(fèi)，提高了運(yùn)行成本。
5.藥廠潔凈空調(diào)系統(tǒng)與一般空調(diào)系統(tǒng)應(yīng)分開設(shè)置，因一般空調(diào)系統(tǒng)無潔凈度要求，空氣不需要經(jīng)過三級（初、中、高）過濾，若合為一個系統(tǒng)，初投資和運(yùn)行成本都會提高。
6.對于藥廠設(shè)計(jì)來說，系統(tǒng)風(fēng)量過大的潔凈空調(diào)系統(tǒng)應(yīng)分開設(shè)置。
7.對于藥廠設(shè)計(jì)來說，新風(fēng)量特別大（因工藝排風(fēng)量大）、室內(nèi)濕度要求高時(shí)，應(yīng)獨(dú)立設(shè)置新風(fēng)系統(tǒng)，如凈化車間濕度要求高而室內(nèi)發(fā)濕量又不大應(yīng)在新風(fēng)處理時(shí)就采取除濕措施。